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日本国内最早提到《五行大义》的文献，是成书于公元797年（延历十六年，唐德宗贞元十三年）的《续日本纪》。该书卷二十“天平宝字元年十一月”条（757）记载孝谦（称德）天皇主持制定《诸国博士医师任用法》。
其文是：敕曰：如闻。顷年诸国博士医师，多非其才，托请得选，非唯损政，亦无益民，自今已（以）后，不得更然。其须讲经生者《三经》，传生者《三史》；医生者《太素》、《甲乙》、《脉经》、《本草》；针生者《素问》、《针经》、《明堂》、《脉决》；天文生者《天官书》、《汉晋天文志》、《三色簿赞》、《韩杨要集》；阴阳生者《周易》、《新撰阴阳书》、《黄帝金匮》、《五行大义》；历算生者《汉晋律历志》、《大衍历议》、《九章》、《六章》、《周髀》、《定天论》，并应任用。
天平宝字元年（757）提到的《五行大义》显然是日本最早的一个版本（以下略称为“天平本”），并且它也可能是最接近萧吉未刊原稿的一个本子，对日本平安时代（794～1192）以后宗教思想与学术文化产生了深远影响的，或许就是这个本子。成书于宇多天皇宽平三年至九年（891～897）的《日本国见在书目录》，17 在第36类中著录了“五行家”汉籍919卷，其中有“《五行大义》一”（未提及作者）。“一”，当为一册、一部之意（如现存《常州先哲丛书》中的《五行大义》就是五卷一册），应该也是指天平本。当时日本的贵族、僧侣和政治家，多以能直接从《五行大义》中摘录文句，作为政治、观物、养生、服色、医疗、礼节、仪式的权威依据为时髦。中村璋八经过艰苦的努力，从日本许多古代典籍中搜寻《五行大义》的踪影，发现了大量的线索。如平安前期，在《三代实录》清和天皇贞观十七年（875）阴阳寮的奏言中有“萧吉九篇”的记载；在菅原为长的《管蠡抄》（成书于901～930年）中有《五行大义》四条引文；在具平亲王的《弘决外典抄》（成书于991年）中有十二条引文；在惟宗允亮的《政事要略》（成书于一条天皇年间，986～1011）残卷中有四条引文和重要的发挥；在汉文诗人藤原公任（966～1041）的《北山抄》中有一条引文。平安后期，在藤原赖长（1120～1156）的日记中有他阅读和引用《五行大义》的多次记载。进入镰仓时代（1192～1331），引用《五行大义》的范围更为扩大，如在《诸道勘文》（平安末年辑，《群书类从》本）中有八条引文；在沙门信瑞的《净土三部经音义集》（大正新修大藏经本）中有七条引文；在素寂的《紫明抄》（内阁文库本）中有一条引文；在《医家千字文注》（续群书类从本）中有三条引文；在贺茂在方的《历林问答集》（群书类从本）中有一条引文；在在盛的《吉日考秘传》（续群书类从本）中有三条引文；在丰原统秋的《体源抄》（古典全集本）中有四条引文，等等。镰仓后期至南北朝时期（1331～1392），菅原、藤原两个贵族集团甚至竞相利用《五行大义》中的文句来确立年号，作为政治斗争的一个重要手段。如菅原在兼根据《五行大义》“国家安宁，长乐无事”之句提出“安长”年号，藤原资名则根据《五行大义》“顺天之化，长养万物”之句提出“长养”年号。据《元秘抄》、《改元部类》（宫内厅书陵部）等文献的记载，从花园天皇庆长元年（1311）开始，此类争斗共发生了15次。18天平本的原本估计已经失传，但在流传过程中派生了一系列抄本。其中最重要的有以下四个本子：
第一，元弘相传本五卷（略称“元弘本”）；
第二，天文抄本五卷（略称“天文本”）；
第三，高野山旧三宝院本（略称“高野本”），仅存第五卷；
第四，旧宝玲文库本（略称“宝玲本”），仅存第五卷后半部分。
日本的《五行大义》在传播过程中共产生了天平本、元弘本、神宫本、天文本、阳明本、卜部本、高野本、宝玲本、元禄本、佚存本等10种主要的抄本和刊本。其中最接近萧吉所著、因而版本价值最高的天平本已经失传。其余版本各有千秋，可互作参校。对中国文化界影响最大的，是属于元弘本系统的佚存本。根据当时德川幕府的命令，《佚存丛书》被专程送到中国。中国现存的几种《五行大义》版本，就是根据佚存本发展而来的。
中国最后一次正式著录《五行大义》的文献目录，是《宋史·艺文志》，时间在1343～1345年间。在这之后，《五行大义》就销声匿迹，不见了踪影。一直到十九世纪初日本《佚存丛书》进入中国，人们才重新发现这一与故土阔别460年之久的珍贵典籍所具有的巨大价值，于是迅速作出了反应。
清嘉庆九年（1804），德清许宗彦根据佚存本翻刻《五行大义》五卷（范氏古欢堂），这是自《宋志》著录《五行大义》以来中国人第一次正式印行此书。此时距《佚存丛书》的印行仅仅5年。许氏《叙录》称：
《唐志》“萧吉《五行记》五卷”；《宋志》“萧吉《五行大义》五卷”，藏书家均未著录。近日本国人刻《佚存丛书》，此书在焉，用活字印行，多误舛。宗彦校其可知者，改定数十字，余仍其旧，俟知者而别梓之。⋯⋯观吉之书，文朴义质，徵事咸有条理；秘文坠简，多世希觏。推五行之数，合诸辰日、音律、性情、年命，曲而不枝，约而不僻。虽其麤涉津涯，未足究神秘、探奥迹，融畅于大道；以视术家所诵习，则倜然远矣，岂可以传世无绪、来自远方而忽之哉？
嘉庆本以佚存本为底本，版式也与佚存本大致相同。虽然自称“改定数十字”，但实际改动多达407处。
嘉庆十二年（1807），阮元编选《宛委别藏》进呈。原稿共174种，总目中有：“《五行大义》五卷，隋萧吉撰，日本《佚存丛书》本”。据阮元为《宛委别藏》各书所撰之提要，22 称：
是编日本人用活字板摆印。前有自序，称“博采经纬，搜穷简牒，略谈大义，凡二十四段。别而分之，合四十段。二十四者，节数之气；总四十者，五行之成数”云云。⋯⋯今观其书，文义质朴，徵引谶纬诸籍，有条不紊。且多佚亡之秘籍，尤非隋唐以后所能伪为也。
据《故宫善本书目》，《宛委别藏》160种藏于养心殿（目二函，书百函，共160种，其中由阮元所进者157种，与诸家所记不符，疑中有亡佚）；但民国二十四年（1935年）故宫博物院编辑、上海商务印书馆影印出版《选印宛委别藏》40种时，因《五行大义》一书已有嘉庆本等刊本传世，故未收入。23 1988年，江苏古籍出版社按原目录影印《宛委别藏》120册，收《五行大义》于第70册。经笔者对勘，宛委别藏本与佚存本完全一致，未作任何校勘，因而不应视为一个独立的版本。当然，在考察《五行大义》在中国的流传过程时，阮元以其文坛权威的崇隆地位对《五行大义》所作的积极引介，还是很有意义的。在他的鼓吹下，《五行大义》的影响迅速扩大。与许宗彦、阮元同时的孙星衍“尤好斯学”，已藏有《五行大义》；24《续古文苑》卷十一“序上”，则将“隋萧吉《五行大义序》（日本国本）”作为古文范本予以郑重推荐。25
嘉庆十八年（1813），歙县鲍廷博编辑《知不足斋丛书》，收《五行大义》于第二十六集（略称“知不足本”）。这是嘉庆本问世以来中国第二次正式刊刻印行《五行大义》。鲍氏作短跋于书后：
隋萧吉《五行大义》失传已久。近德清许氏得自日本《佚存丛书》中，既校而刊之矣，惜传之不广。因重寿梓，以公同好云。
另据严一萍《百部丛书·影印说明》称：“知不足覆刊佚存而加校订”，可知知不足本所用的底本还是佚存本。其版本的进步，体现在对底本又进行了一次修改，共比嘉庆本多了24处。由于《知不足斋丛书》印行数量很大，《五行大义》对学术界，特别是对清代和近代的文献考据学产生广泛而深刻的影响。除前引陈乔枞《齐诗翼氏学疏证》、孙诒让《札迻》外，朱右曾《逸周书集训校释》、赵在翰《七纬》、黄奭《黄氏逸书考》、陈立《白虎通疏证》、王先谦《汉书补注》、汪宗沂《太公兵法逸文》、刘家立《淮南内篇》等，也都先后引用了《五行大义》。
光绪八年（1882），日本《佚存丛书》在上海由黄氏出版木活字排印本；光绪二十三年（1897），盛宣怀选辑编印《常州先哲遗书》，在第一辑子部中再次收入《五行大义》（略称“常州本”）。盛氏跋称：
1.书名：《五行大义今注》
作者：梁湘润
2.书名：《五行大义白话全解》
译者：刘鸿玉 刘炳琳
1.书名：《五行大义今注》
作者：梁湘润
2.书名：《五行大义白话全解》
译者：刘鸿玉 刘炳琳
其中：经部：《周易》类14种，《尚书》类6种，《诗经》类6种，《礼》类12种，《乐》类3种，《春秋》类5种，《孝经》类2种，《论语》类5种，谶纬类28种，经解类6种，小学类13种；史部：正史类13种，杂史类10种，职官类2种，杂传类3种，地理类4种；子部：儒家类9种，道家类7种，法家类2种，杂家类11种，农家类2种，小说类1种，天文类3种，兵书类2种，五行类5种，杂艺术类1种，类事类2种，医术类4种；集部：集类4种，其他类4种。所引文献共4部，30类，173种。在这些被徵引的书目中，有目存文佚的古籍，如《三礼义宗》、《黄帝九宫经》、《河图》、《星图》、《乐纬》、《龟经》（以上俱见《隋志》）等；大量的则是不见于今本的佚文和异文。如《帝系谱》、《相书》、《太玄经》等，《太平御览》虽有引用，但文句有很大的出入。另如宋氏《易》、《尚书大传》、蔡邕《月令章句》、翼奉《齐诗学》、《礼三正记》、《五经通义》、《春秋释例》、《太康地记》、《三五历纪》、《甘公新经》、《石氏天官》、《六艺论》、《五经析疑》、《圣证论》、《字书》、《帝王世纪》、《尸子》、《文子》、《桓子》、《新论》、《物理论》以及各种纬书的零散文句，虽大多已收入清朝学者的辑佚类著作中，但还有不少为《五行大义》所独有。